Sejarah Singkat
MTsN 3 Pekanbaru pada awalnya adalah Madrasah Tsnawiyah Negeri Pekanbaru lokal Simpang Tiga yang dibuka pada tahun pelajaran 1996/1997. Latar belakang berdirinya karena besarnya animo masyarakat untuk memasukkan anaknya ke pendidikan agama, sehingga MTsN Pekanbaru pada waktu itu satu-satunya MTs Negeri yang ada di kota pekanbaru tidak bisa menampung peserta didik yang mendaftar. Maka dengan inisiatif kepala MTsN pekanbaru pada waktu itu adalah bapak Drs. Sirajuddin beserta guru-guru MTsN Pekanbaru untuk membuka lokal jauh di daerah Simpang Tiga Pekanbaru.
Pada awal belajar MTsN pekanbaru lokal simpang tiga sempat belajar beberapa waktu di MDA Al-Ikhlas Simpang Tiga, dikarenakan gedung belajarnya belum siap. Dengan berkembang pesatnya MTsN Pekanbaru Lokal Simpang Tiga, maka muncul inisiatif dari kementerian agama untuk menegerikan MTsN Pekanbaru Lokal Simpang Tiga agar dapat pula mandiri.
Pada tahun 2009 MTsN Pekanbaru Lokal simpang tiga berganti nama menjadi MTsN Bukit Raya berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 48 Tahun 2009 Tentang Penetapan 70 (Tujuh Puluh) Madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN). Bersamaan dengan itu, salah satu MTs yang dinegerikan adalah MTsN Bukit Raya Pekanbaru” dan sekarang menjadi MTsN 3 Pekanbaru. Pada tanggal 23 Februari 2010 MTsN 3 Pekanbaru diresmikan oleh Bapak Wali Kota Pekanbaru dan Kepala departemen Agama Provinsi Riau.
MTsN 3 Pekanbaru berdiri diatas tanah seluas 18.810 m2 wakaf dari Bapak H. Abu Bakar. Sekarang nama Bapak H. Abu Bakar dijadikan nama Masjid di MTsN 3 Pekanbaru.
MTsN 3 Pekanbaru Pekanbaru selalu dan terus berbenah diri guna mencapai tujuan pendidikan nasional yaitu mengembangkan potensi peserta didik agar menjadi manusia yang beriman dan bertaqwa kepada Allah SWT., berakhlaq mulia, sehat, berilmu, cakap, kreatif, mandiri dan menjadi warga negara yang demokratis serta bertanggung jawab.
Berjalannya waktu MTsN 3 Pekanbaru sudah beberapa kali ditunjuk menjadi tuan rumah kegiatan-kegiatan yang diadakan oleh kementerian Agama. Pada tanggal 27 s/d 29 Mei 2012 pernah menjadi tuan rumah ekspo madrasah Pertama tingkat provinsi Riau yang dibuka oleh Dirjen Pendidikan Madrasah Departemen Agama Revublik Indonesia yaitu Bapak Prof. Dr. Dedi Djubaedi dan Bapak Wakil Gubernur Provinsi Riau yaitu bapak H. R. Mambang Mit.
Pada Bulan Mei 2013 MTsN 3 Pekanbaru kembali ditunjuk menjadi tuan rumah pada ajang Aksioma tingkat Kota Pekanbaru. Yang juga dihadiri Kepala Kementerian Agama Kota Pekanbaru yakni Bapak Edwar S. Umar dan Anggota DPRD Kota Pekanbaru yaitu Bapak H. Bilhaya Athar.
Pada tanggal 28 Mei 2014 telah diloncing madrasah tsanawiyah negeri bukit raya unggul dan berkarakter dan madrasah menuju adiwiyata oleh kepala bidang pendidikan madrasah kemeterian agama provinsi riau bapak H. Mahyudin, M. Ag dan Kepala Kementerian Agama Kota Pekanbaru H. Bapak Edwar S. Umar, M. Ag
Sejak MTsN Pekanbaru Lokal Simpang Tiga didirikan sampai sekarang setelah menjadi MTsN 3 Pekanbaru telah dipimpin oleh delapan orang kepala yaitu :
1. Drs. Hormat Ritongga (Priode 1996 – 2001)
2. Idarman, S. Pd (Priode 2001 – 2004)
3. Marzuki, M. Ag (Priode 2004 – 2007)
4. Drs. Oktenvianus (Priode 2007 – 2009)
5. Drs. H. Dahlil Syarif (Priode 2009 – 2013)
6. H. Marzuki, M. Ag (Priode 2013 S/d 2017)
7. Darusman, M. Pd (Priode 2017 S/d 2022)
8. Sukeimi, M.Pd (Periode 2022 s/d Sekarang)
Saat ini Kepala Madrasah dibantu oleh empat orang wakil kepala, yang terdiri :
1. Wakil kepala bagian kurikulum dijabat oleh Safridah, M. Pd
2. Wakil kepala bagian kesiswaan dijabat oleh Dra. Hj. Hayatirruh, M.Ed
3. Wakil kepala bagian hubungan masyarakat/Keislaman dijabat oleh S. Idi Sufian, S.Pd.I
4. Wakil kepala bagian sarana dijabat oleh Muchamad Arif Nurudin, S. Pd
